Γεννήθηκε στα Ψαρά . Ο πατέρας του λεγόταν Γεώργιος Παπανικολής. Από πολύ μικρή ηλικία μπήκε στο ναυτικό επάγγελμα και ακολούθησε τον πατέρα του σε αγώνες που έκανε τότε με τους Βέρβερους και Αλγερινούς πειρατές.
Όταν ξέσπασε η ελληνική επανάσταση, έγινε πλοίαρχος και έθεσε το πλοίο του στη διάθεση της Βουλής των Ψαρών. Ήταν ο πρώτος που πυρπόλησε επιτυχώς τουρκικό πλοίο και βύθισε ένα δίκροτο με 74 πυροβόλα και 1000 άνδρες στο λιμάνι της Ερεσού στη Λέσβο στις 27 Μαΐου 1821.
Το ίδιο έκανε και στη ναυμαχία του Γέροντα προκαλώντας μαζί με τους συντρόφους του πυρπολητές τον τρόμο στον οθωμανικό στόλου. Συμμετείχε και σε πολλές άλλες καταδρομικές επιχειρήσεις και με τις επιτυχίες του κατέπληξε τους άλλους ναυμάχους.
Με τη λήξη του Αγώνα, τον Ιανουάριο του 1829 επιδόθηκε στο εμπόριο με δικό του μπρίκι, μέχρι το 1833 που ήλθε ο Όθωνας. Τότε η κυβέρνηση αγόρασε το πλοίο του και διατήρησε τον ίδιο κυβερνήτη. Σε ένα ταξίδι που μετέφερε Γερμανούς στην Ανκόνα (Οκτώβριος 1833) και ενώ ο ίδιος αναπαυόταν στην καμπίνα του, οι υφιστάμενοί του λειτούργησαν με απροσεξία σε κατάσταση καταιγίδας. Εκείνος έσπευσε να ανέβει στο κατάστρωμα, χωρίς να κατορθώσει να διασώσει το πλοίο, το οποίο ναυάγησε. Το φορτίο διασώθηκε, αλλά χάθηκε το ταμείο του πλοίου. Ο Παπανικολής δικάστηκε στην Καλαβρία και απέδωσε μέχρι οβολού ό,τι χρωστούσε. Αυτό όμως τον έφερε σε δεινή οικονομική κατάσταση.
Το 1843 εκλέχθηκε πληρεξούσιος των Ψαρών. Το 1845 στάλθηκε ως κυβερνήτης πλοίου στο Γύθειο προκειμένου να εξομαλύνει μανιάτικες έριδες που είχαν ξεσπάσει στη περιοχή. Το πέτυχε. Ένα χρόνο μετά, το 1846 έληξε και η ναυτική του σταδιοδρομία όταν ανέλαβε Πρόεδρος του Ναυτοδικείου, θέση που διατήρησε μέχρι το θάνατό του το 1855.
Τρία υποβρύχια του πολεμικού ναυτικού μας έχουν φέρει το όνομά του.
(Θωμάς Τσιμπίσης, α΄ τάξη)